Durante la rivoluzione francese, al Giglio non si avvertì alcun cambiamento. Quando la Toscana fu invasa dall'esercito di Napoleone Bonaparte, l'isola del Giglio passò nelle mani dei francesi che, però, non ne presero mai effettivo possesso. L'amministrazione francese era complessa e burocratica, richiese forti tasse e pretendeva di governare senza conoscere le possibilità e le consuetudini locali.
Impose la coscrizione obbligatoria (servizio militare) ed i gigliesi, che fino ad allora avevano sempre prestato servizio nelle milizie paesane granducali, si dettero alla macchia. E' comunque dimostrato, in un documento del 1847, che alcuni isolani presero parte, sotto le bandiere dell'imperatore Napoleone, alla guerra di Russia del 1812.
Il generale Gaulthier aveva imposto a tutti i cittadini il disarmo generale ma tale ordine al Giglio non fu eseguito: alcuni documenti ci dimostrano che, il 18 novembre, durante l'ultimo assalto dei barbareschi, i gigliesi si difesero in armi.