Il periodo della Restaurazione
Alla caduta dell'Impero Napoleonico, per disposizione del Congresso di Vienna del 1814, il Giglio tornò ai Lorena il Granducato era retto da Ferdinando III.
Gli succedette Leopoldo II, suo figlio, che visitò personalmente il Giglio e prese a cuore le sorti della popolazione. Fece costruire un altro mulino a vento al Pianello, un acquedotto che conduceva l'acqua della sorgente di San Giorgio al Porto ed una fontana per incrementare le comunicazioni con il continente, fece costruire un piroscafo che viaggiava in determinati giorni della settimana; istituì la guardia civica.

Il Risorgimento
II Giglio, soprattutto negli ultimi anni, era passato da una dominazione all'altra. I gigliesi, dato l'isolamento, non erano sempre al corrente di ciò che avveniva sul continente. A tal proposito è curioso ricordare l'episodio, del 1859, dell'annuncio dell'annessione della Toscana al Regno di Sardegna, narrato da Cune Paolicchi nella Storia dell'Isola del Giglio.
"... interessante conoscere come fu portata al Giglio la notizia e come venne accolta dagli abitanti. La famiglia Mai del Castello portò per più di un secolo la posta con un veliero da Santo Stefano a Giglio Porto. L'ultimo dei suoi postini fu Ansano Mai, che, nel '59 era un ragazzo. L'isola non aveva telegrafo, sicché il veliero postale, partito dal Giglio, entrò in S.Stefano con la bianco-rossa bandiera granducale a poppa. Il capitano di porto, dalla banchina, si sbracciava a far segni, ma quei di bordo non capivano appena attraccati gridò loro: Mettete via quella bandiera! Poi narrò quanto era avvenuto e dette ai postini due bandiere tricolori, una per il veliero e una da portare al Comune. Giunti al Porto, babbo Mai dette al figlio Ansano il bandierone per il Comune, la novità com'era naturale,
mise le ali ai piedi del ragazzo che s'inerpicò per l'erta sventolando il suo tricolore. Incontro a lui si fece molta gente, tutti quelli che non erano in campagna ai lavori, a capo della piccola folla c'era il prete-maestro Giudici, infama di liberale, che afferrato il tricolore si mise a urlare e far dimostrazioni per le vie del Castello, facendo uscir tutti dalle case. Così un ragazzo portò al Giglio la notizia di un nuovo governo e il simbolo della più grande patria nascente".

Nonostante l'esiguo numero di elettori residenti, anche al Giglio, l'11 maggio 1860, si effettuarono le elezioni a Suffragio Universale per l'annessione al Regno di Italia.

"Regnando S.M. Vittorio EmanueleII
Real governo della Toscana

Vista la deliberazione del Comune dell'Isola del Giglio, dalla quale emerge che il numero degli elettori non giunge ai 40.
Considerando che nelle condizioni eccezionali di quegli abitanti non sarebbe compatibile l'aggregazione del Comune stesso ad altre sezioni, e quindi occorre uno speciale provvedimento che renda agli abitanti stessi possibile l'esercizio del diritto elettorale.
Decreta
Art. 1°- II Comune dell'Isola del Giglio si costituirà in sezione separata e distinta qualunque sia il numero degli iscritti nelle liste per compiere le operazioni elettorali, e trasmetterà lo scrutinio al capo del Collegio di Grosseto.
Art. 2° - II Ministro dell'Interno è incaricato della esecuzione del presente Decreto.
Dato lì 20 marzo 1860.
Il Presidente del Consiglio dei Ministri, e Ministro dell'Interno f. Ricasoli.
Il Ministro della Pubblica Istruzione f. Ridolfi".

Nello stesso giorno partì, da Quarto (Genova), la spedizione dei Mille, comandata dal Generale Giuseppe Garibaldi, con lo scopo di liberare dal dominio dei Borboni il Regno delle Due Sicilie.
Anche un gigliese prese parte a tale impresa. Ciò è dimostrato dal testo dell'"0mbrone", un giornale locale maremmano, del 17 novembre 1878, che così cita:
"La Gazzetta Ufficiale del Regno pubblica l'elenco alfabetico dei componenti la spedizione di Marsala. Essi furono 1089. 78 di loro morirono nei fatti d'arme della spedizione, ecco gli uomini della nostra provincia che presero parte alla spedizione: ...Pini Pacifico del Giglio ... "
Non esistono pubblicazioni che trattano ampiamente questo periodo storico, comunque, con l'aiuto del dottor Armando Schiaffino, è stato scoperto che questo fu un periodo di recessione per il Giglio: i gigliesi erano abituati alle agevolazioni concesse dai Granduchi di Toscana infatti non pagavano tasse, ricevevano spesso sussidi ed aiuti in caso di necessità.
Con l'annessione al Regno d'Italia dovettero iniziare a pagare le tasse e persero alcuni privilegi.
Risale a questo periodo la cessione di terreni incolti, sui quali i proprietari non volevano pagare le tasse. Questi venivano intestati al Demanio dello Stato per possessore ignoto.